Em 1787, o local onde está instalado, na Praça Dom Vital ou Praça do Mercado, no Bairro de São José, chamava-se Ribeira de São José. Ali se mantinha um pequeno comércio de verduras e frutas. Em 1817, o local era descrito assim: Um mercado junto de uma igreja, onde são oferecidos montões de raízes de mandioca, bananas, ananases, cajus, mangas e laranjas. Hoje, o mercado comercializa, além do artesanato variado, de peixes e crustáceos, charque, outras carnes e cereais.
Antes de tornar-se Ribeira de São José, o local era denominado Terreno dos Coqueiros, depois Ribeira dos Peixes. Pertencia a Belchior Alves Camelo e à sua mulher, Joana Bezerra, que os doou, por escritura lavrada em 16 de abril de 1655, aos padres capuchinhos.
Ao longo de mais de 125 anos de história, o Mercado de São José sofreu várias reformas. A primeira delas, em 1906, levou dez meses. Em 1941, foram substituídas as venezianas de madeira e vidro por combogós de cimento, mais duráveis. Em novembro de 1989, um incêndio destruiu parte do mercado, danificando-lhe a estrutura. A reconstrução somente veio a ocorrer quatro anos mais tarde. A obra durou um ano e, em 12 de março de 1994, ele foi reinaugurado com grande festa. Em 1998, o mercado foi novamente restaurado.
